[电脑应用]Western Blot结果分析软件Quantity One使用介绍

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sharebio 2013-03-02 08:55:24

1.  安装:
 (1)先找到图1所示的图标,双击安装。 

    
  图1



  (2)系统重启后桌面出现图2所示的图标

  

  图2



  2.  激活:在安装文件夹找到图3

    
  图3



  (1)双击后出现图4所示的对话框

    
  图4



  (2)点击Apply patch后,打开桌面Quantity One图标,激活完成。
  
  3.  应用:
  (1)首先,随便打开一个Western blot结果图片(注意:图片格式为TIF)

    
  图5



  (2)单击工具栏,黑圈所示工具

    
  图6



  (3)出现下图所示对话框(其中“1”可以自动识别待分析对象,“2”为手动设定对象范围)

    
  图7



  (4)单击“3”出现下图

    
  图8



  (5)点击OK,下图黑圈里就是大家所需要的灰度值

    
  图9

用Quantity One进行定量分析的方法

Quantity One是Bio-Rad公司的凝胶电泳图像获取、处理以及定量分析软件。功能很强大,到底多么强大在这就不说了。用处很多,到底多么多在这也不说了,具体功能请参考Quantity One使用说明及相关教程。下面只是Quantity One用于DGGE结果定量分析的一般操作方法:

有下面这么一张DGGE图像,需要分析一下左边第5条泳道的8个条带对应的DNA在样品中占的百分比各分别是多少。


第一步:建立泳道

点击菜单栏“Lane-Auto Frame Lanes”,一般情况下Quantity One会自动识别并建立泳道。但也有很多时候不能自动建立泳道,这就需要选择菜单栏“Lane- Frame Lanes…”然后输入要建立泳道的数目,手动建立泳道。泳道建立后需要调整,在菜单栏“Lane-Edit  Frame”中有拉伸、旋转、移动、添加/删除锚点等选项,通过这些选项可以对泳道进行调整,调整后大致如下:


第二步:消除泳道背景

点击菜单栏“Lane-Lane Background…”跳出一个对话框,“All Lanes”中选择第二个,然后点一下第5条泳道,“Selected Lane”的下面会显示Selected Lan:#5(#5),然后选择”Lane On“ Rolling Disk Size中填一个10~20之间的数(可以多尝试几个,看看效果),最后点“Done”完成操作。

第三步:建立条带

点击菜单栏“Band->Detect Bands…”打开一个对话框,调整Sensitivity和Lane Width的数值,使每个条带都被检测到,如果条带上面显示的是一条红线,可以在“Band-Band Attributes”的Style栏中选择Brackets,使之显示为括号形式。条带建立后图像显示如下:


第四步:生成报告

点击菜单栏“Report-Lane Report”然后点一下第五条泳道,在弹出的对话框的Measurements 一栏中选择Trace Qty (个人感觉选择这个比较合适,也可以选择其他的看看效果),然后点Report,就看到了每个条带的Trace Qty值,这个值与DNA的浓度呈正比,根据这个值计算百分比即可。

以上仅仅是Quantity One进行定量的简单流程,非常不具体,一些具体的参数设置及软件的其它功能请参考相关的使用说明或教程。另外,不确定上面的操作是否有不当之处,如有请多指教。

需要特别说明的一点是:对于一个从复杂的环境样品中提取的DNA,经过PCR-DGGE,然后用Quantity One定量,通过分析每条条带的intensity来计算百分比,然后估计原始样品中各个物种(比如细菌)的百分比,这样的做法是非常不准确的,这种数据发paper可能不会被接受,因为整个过程中存在很多Bias。同理,T-RFLP也存在类似问题。
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