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小技巧之查找质粒图谱

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方法一:安装软件Vector NT

做 分子实验,经常和不同的质粒打交道,了解各种质粒的图谱信息是必需的,invitrogen公司的这款软件绝对是分子生物学虫子们的福音,功能强大、界面 美观,使用起来很人性化。后面的很多方法都是基于在这款软件的使用之上,因此个人觉得要想对质粒图谱了解更直观,安装这款软件是非常必要的。而且,一旦安 装了这款软件,你就发现这款软件的软件包里面会包括invitrogen公司的所有质粒图谱信息和其他比较常见和经典的质粒图谱。这里就不一一细说,各位 虫子可以自己体验下。(这款软件的下载和使用说明书站内很多)

方法二:查找质粒图谱的网站:

这个之前有人求助质粒图谱时,我在回应求助帖里面公布过几个我经常用的网址,估计不是专题,很多人没看到,现在在此重新总结下
1.Vector Database
地址:https://www.lablife.org/g?a=vdb
这个网站很页面很人性化,直入主题,也是我经常用到一个网站,比如同样这个帖子求pRS类质粒图谱(注意,是一类质粒图谱,没关系,照样能找到),直接在搜索框输入pRS,可以看到,之类质粒一共有三十多个。

找到自己需要的质粒名称,点击进入,就可以看到质粒图谱了

拿第一个质粒pRS413举例,如上图,质粒图谱是不是很难看,对,我也觉得很难看,没关系,看见view sequence了吗?点击进入,我们就得到该质粒图谱的序列了。

如 何得到比较好看的质粒图谱呢,看到GeneBank了吗?对,熟悉vector的虫子们肯定知道该如何做了,对,点击进入,如下图,复制所有的代码部分, 新建txt文件,粘贴上代码后,将文件扩展名由txt更改为gb格式,导入vector,你就可以在vector里面看到质粒图谱了。

因为这个网站我经常用,并且和NCBI网站的运用方式一样,以及和Vector软件的配合使用,因此讲解比较啰嗦。
2.Vector DB
网址:http://genome-www.stanford.edu/vectordb/vector.html
这个网站我也用得比较多,总结和分类都比较完整。基本包括了所有表达系统的质粒信息。

不过唯一有一点不爽的就是,这个网站竟然没有搜索栏啊,太不人性化了。那如何在那么多质粒信息中查找到我们所需要的质粒的信息呢?没关系,我们有网页字符查找功能,见红色标记部分。
方法是:网页工具栏 编辑——–在此页上查找,然后输入你的质粒名称,就可以了。比如:我们输入pRS,是不是就和搜索栏一样出现有用信息了?

点 击我们需要的质粒进入下以页面,以质粒pRS303为例,如下图。有用信息除了对该质粒进行的一些描述性语言外,最重要的要算是红色标记部分 了,sequence link进入是该质粒的序列。NCBI link,点击直接进入了NCBI,如何在NCBI中得到质粒图谱,下面将进行详细解释。

3.NCBI
网址:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
真不好意思,这么重要的网站,留到这时候才介绍,NCBI功能很广泛,其他功能我就不介绍了,重点介绍如何用NCBI查找质粒图谱信息。如下图,search下拉框中选中Nucleotide,搜索栏输入质粒名称,拿pRS303举例:

search后,得到搜索结果,如下图,点击右边的send to,选中file,genebank等选项,点击Create File选项,得到一个gb格式的文件,导入vector软件中,就得到了我们需要的质粒图谱了。

4.其他查找质粒图谱的网站:

寒梅砺剑阁(不是很全)
http://yoou.bokee.com/5757561.html
bioask
http://www.bioask.cn/html/857.html
AddGene(西瓜版主提供,真的是个非常不错的网址)
http://www.addgene.org
这两个网站其实也很不错的,使用方法都是大同小异,就不特别介绍了,希望就放收藏夹就可以了。

方法三:一些重要试剂公司网页

其实也是一些网站,因为这些网站除了得到质粒图谱等信息,还可以得到关于质粒使用方面的信息,因此单独拿出来做一个分类。做分子的虫子都知道,现在很多质粒,特别是应用比较广泛的质粒都一些公司商业化的质粒,基本是由一个质粒你就会联想到一个公司的名字。
比如简单的,克隆载体pMD18-T,TaKaRa,有木有;pGM-T,天根,有木有;
一 些表达载体,使用最广泛的,pET系列,Novagen公司(默克)的;有双MCS的Duet系列载体,Novagen的;毕赤酵母表达质粒 pPIC3.5k,pPIC9k,pPICZA,pPICZaA等等,都是invitrogen的;另外一些pYES酿酒酵母表达系统,也是 invitrogen的,因此知道常见的质粒是哪个公司的,去他们公司网站上肯定可以找到该质粒的相关信息。
比如:这个虫子求pGM-T载体序列,见帖子http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=3081308,如下图,他们公司主页有吧。

另外:invitrogen公司:http://zh.invitrogen.com/site/cn/zh/home.html
Novagen公司:http://www.merckbiosciences.com/g.asp?f=NVG/pETtable.html
在他们公司主页搜索栏直接搜索质粒名称,得到质粒序列,图谱什么的都不成问题,而且可以下到表达系统操作手册,原核表达看完pET表达系统操作手册,真核系统看完毕赤酵母表达系统,一些表达方面的的知识你就是半个专家了,扯远了。。。。。。

方法四:如何查找经过改造过的质粒的质粒图谱

有些质粒是经过改造的,所以通过上述方法不能查询到相应信息。这时,可以在google scholar中输入质粒名称,可以直观地看哪些学者在何文章中使用了该质粒,从而可了解到质粒的来源;或者籍此向作者咨询或索取。

另外介绍下如何通过文献查找经过改造的质粒的图谱信息,
Kuhlman, T. E. and E. C. Cox (2010). “☆Site-specific chromosomal integration of large synthetic constructs.” Nucleic Acids Res 38(6): e92.
这篇文献,介绍了一种大肠杆菌染色体整合的方法,文中介绍了三个质粒,是由作者自己改造了,如何查找到这三个质粒图谱了呢?
首先在PubMed中搜索到该文献,如下图。

很 多人,找到文献,仅仅将文献下载下来就OK了,其实还有很多有用的信息,比如文章的supplementary,还有如上图右边的标记部 分,Nucleotide,protein都是一些很重要的信息。点击右边的Nucleotide,进入如下页面,看,文中涉及到的六个质粒序列全都有, 点击进入,按照方法二中,NCBI下载质粒图谱的方法就可以得到这几个质粒的图谱,当然,前提是该文章的作者已将将载体信息上传了NCBI。

 


转自小木虫,找生物简单编辑,感谢原作者
susizheng!

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