蛋白质相互作用数据库
【BIND】 - Biomolecular Interaction Network Database
[Introduction]
We have designed and implemented a new database encompassing the growing network of protein and other biomolecular interactions, called BIND (Biomolecular Interaction Network Database).
This database will span the complexity of interaction information gathered through experimental studi...
作者：木木 | 分类：蛋白质相关 | 阅读：1206 点击 |
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蛋白抗原表位预测及抗原多肽设计
利用在线软件BepiPred 1.0 Server（http://www.cbs.dtu.dk/services/BepiPred/）从蛋白序列直接预测抗原表位
还有其他在线预测网站
http://www.epitope-informatics.com/Links.htm
http://bio.dfci.harvard.edu/Tools/index.html 进Antigenic Peptide Prediction 用tools
http://bio.dfci.harvard.edu/Tools/antigenic.pl 把氨基酸序列粘贴进去，就可以直接得出预测结果
抗原多肽选择的基本...
PCR引物设计/测序网址及软件汇总
Design of PCR and Sequencing Primers and PCR reactions
Design of Primers for Automated Sequencing
PCR Bioinformatics and Web based primer design
PCR links at Bioinformatics.Net
Primer Design Workshop
Probe/ primer design software
Primer design webservers for PCR, mutagenesis and RNAi
AntiSense Design - Design antisense primers at IDT
AutoPrime -...
核酸和蛋白质序列分析方法汇总
在获得一个基因序列后，需要对其进行生物信息学分析，从中尽量发掘信息，从而指导进一步的实验研究。通过染色体定位分析、内含子／外显 子分析、ORF分析、表达谱分析等，能够阐明基因的基本信息。通过启动子预测、CpG岛分析和转录因子分析等，识别调控区的顺式作用元件，可以为基因的调 控研究提供基础。通过蛋白质基本性质分析，疏水性分析，跨膜区预测，信号肽预测，亚细胞定位预测，抗原...
蛋白跨膜区预测方法在线资源汇总
Computer-assisted analysis of viroporin 2B sequence.
The prediction of TM helices was done using up to 10 of the most common methods available on the Internet:
DAS (14) (http://www.sbc.su.se/∼miklos/DAS),
PHDhtm (47) (http://www.predictprotein.org/),
MEMSAT3 (28) (http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/),
MEMSAT-SVM (43) (http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/),
SOS...
PCR引物设计黄金法则
1.引物最好在模板cDNA的保守区内设计。
DNA序列的保守区是通过物种间相似序列的比较确定的。在NCBI上搜索不同物种的同一基因，通过序列分析软件（比如DNAman）比对（Alignment），各基因相同的序列就是该基因的保守区。
2.引物长度一般在15~30碱基之间。
引物长度（primer length）常用的是18-27 bp，但不应大于38，因为过长会导致其延伸温度大于74℃，不适于Taq DNA 聚合酶进行反应。
3.引...
引物设计重点因素及设计技巧
想把引物合成的比较好，除了前引物和后引物的Tm不能相差太大，我们还要重点考虑以下因素：
一、GC含量
引物的GC含量一般为40-60%，以45-55%为宜，过高或过低都不利于引发反应。有一些模板本身的GC含量偏低或偏高，导致引物的GC含量不能在上述范围内，这时应尽量使上下游引物的GC 含量以及Tm 值保持接近（上下游引物的GC含量不能相差太大），以有利于退火温度的选择。如果G-C比例超出，则在...
NCBI在线Blast的图文说明
Blast（Basic Local Alignment Search Tool）是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。
BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。
Blast中常用的程序介绍：
1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列...
学术搜索引擎Google Scholar 与Scirus 使用技巧
因特网的迅速发展不断地改变着人类世界, 搜索引擎的出现更是使我们的网络生活如虎添翼, 正如有人说的: “给我一个搜索引擎, 我可以搜索整个世界”。如何从浩如烟海的网络世界中去伪存真查找实用的外文学术信息, 是值得我们深入探讨的一个问题, 本文结合大量实例, 介绍了Google Scholar、SCIRUS 这两个学术搜索引擎的特色及检索技巧。
1 Google Scholar ( http://scholar .google.com)
Google ...
BlastN、MegaBlast和Discontiguous MegaBlast三者的比较区分
它们共同之处就是 BlastN/Megablast/Discontiguous megablast 都是BlastN，就是核酸序列比对核酸序列的算法。
BlastN：应该是出现较早的算法。比对的速度慢，但允许更短序列的比对（如短到7个碱基的序列）。
MEGABLAST：主要用来鉴定一段新的核酸序列，它并不注重比对各个碱基的不同和序列片断的同源性，而只注重被比对序列是否是数据库未收录的，是否为新的提交序列或基因。 速度快。同一...
BLAST——核酸序列相似性比较的工具
Blast(Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。
BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。如果您想进一步了解BLAST算法，您可以参考NCBI的BLAST Course ，该页有BLAST算法的介绍。
BLAST的功能
BLAST对一条或多条...
统计学软件综合比较分析
1、eviews相信大家最熟悉了，这是目前高校里面使用最普遍的软件，是tsp（dos版）的windiows版本。其以界面的友善、使用的简单 而著称，基本上操作是傻瓜式，但是非常实用，处理回归方程是它的长处，能处理一般的回归包括多元回归问题。我比较喜欢它的单位根检验和granger因果 关系检验这两个命令，以及协整模型、ARIMA模型。我向入门者推荐这门软件。不过这个软件的劣势在于它的处理过程（...
蛋白质分析在线资源整理汇总
物理性质预测
Compute PI/MW
http://expaxy.hcuge.ch/ch2d/pi-tool.html Peptidemass
http://expaxy.hcuge.ch/sprot/peptide-mass.html TGREASE
ftp://ftp.virginia.edu/pub/fasta/ SAPS
http://ulrec3.unil.ch/software/SAPS_form.html
基于组成的蛋白质识别预测
http://expaxy.hcuge.ch/ch2d/aacompi.htmlAACompSim
http://expaxy.hcuge.ch/ch2d/aacsim.html PROPSEARCH
http://www.embl-...
Gbrowse权限管理
或许你的数据没有发布，你只想部分人员访问你的Gbrowse，这就涉及到了权限管理，GBrowse提供了多种机制，你可以限制访问者的主机、IP地址、域名，或者只有通过用户名密码登陆后才可以访问。
Gbrowse 2.20以上的版本提供了以下三种权限管理的方式：
通过Apache提供的权限管理机制
构建自己的用户账户数据库
通过插件机制
Gbrowse是以Apache作为默认的服务器，Apache的权限机制自然适用于...
NCBI的功能及应用方法
GenBank Overview
基本信息
• 什么是GenBank？GenBank是一个有来自于70,000多种生物的核苷酸序列的数据库。每条纪录都有编码区（CDS）特征的注释，还包括氨基酸的翻译。GenBank属于一个序列数据库的国际合作组织，包括EMBL和DDBJ。
• 纪录样本 - 关于GenBank的各个字段的详细描述，以及同Entrez搜索字段的交叉索引。
• 访问GenBank - 通过Entrez Nucleotides来查询。...
Genome Browser使用指导
Genome Browser User’s Guide
Connect to the MySql server using this command:
mysql -user=genome -host=genome-mysql.cse.ucsc.edu -A
其他相关数据库登录：
TreeFam 数据库登录：
Anonymous MySQL access at db.treefam.org, port 3308 (anonymous@db.treefam.org:3308)
Ensembl 数据库登录：
mysql -h ensembldb.ensembl.org -u anonymous
内容：
一.什么是Genome...
浏览网站
寻找基因信息的超级工具Ensembl Genome Browser
Genome Browser 是美国加州大学圣塔克鲁兹分校的人类基因体计划的产物。它是用于展示及搜寻由该校人类基因体计划中所组合的人类基因体序列工作草稿和序列的相关注解。目前世界上公开的人类基因体序列草稿，除了它还有 NCBI 和 Celera 。它所组的人类基因体序列工作草稿已被广泛利用，知名的 Ensembl 即利用它的人类基因体序列草稿为基础。目前它最新组合的人类基因体序列工作草稿是 2001 ...
NCBI使用教程下载
NCBI是美国国立卫生院建设的关于生物医学网站，提供文献、基因序列、蛋白序列等的功能性数据库，其Blast分析功能和PubMed文献为广大科研工作者提供了极大的方便。
生物类研究生的常用NCBI使用教程，希望能对大家的科学研究和学习有所帮助。
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