生物信息学比较知名的三大网站

站点名称:NCBI

全称:National Center for Biotechnology Information

中文名称:美国国立生物技术信息中心

站点地址:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

新版网站地址:http://preview.ncbi.nlm.nih.gov/guide/

网站的主页清晰的阐明了NCBI所做的工作及相关领域最新的热点内容,新闻等。为了方便使用者更加熟练使用网站资源,NCBI在将其网站资源列于主页左侧,非常便于初学者熟悉和掌握NCBI的站内资源。现在ncbi已经提供了新设计的网站前台,新的前台给加简洁,但信息量却增大了不少,且提供的网站导航更加明晰、易用。

NCBI首先创建GenBank数据库,在重点开发GenBank的同时,又于1991年开发了Entrez 数据库检索系统。该系统整合了GenBank、EMBL、PIR和SWISS-PROT等数据库的序列信息以及MEDLINE有关序列的文献信息,并通过相关链接,将他们有机地结合在一起。NCBI还提供了其它数据库,包括在线人类孟德尔遗传(OMIM)、三维蛋白结构的分子模型数据库(MMDB)、人类基因序列集成(UniGene)、人类基因组基因图谱(GMHG)、生物门类(Toxonomy) 等数据库。

PubMed是NCBI Entrez 数个数据库查询系统下中的一个。PubMed 是提供免费的MEDLINE、PREMEDLINE与其他相关数据库接入服务,MEDLINE是一个拥有1亿字条的巨大数据库。PubMed也包含着与提供期刊全文的出版商网址的链接,来自第三方的生物 学数据,序列中心的数据等等。PubMed提供与综合分子生物学数据库的链接与接入服务,这个数据库归NCBI所有,其内容包括:DNA与蛋白质序列,基因图数据、3D蛋白构象,人类孟德尔遗传在线。:

BLAST是一个NCBI开发的序列相似搜索程序,还可作为鉴别基因和遗传特点的手段。BLAST能够在小于15秒的时间内对整个DNA数据库执行序列搜索。NCBI提供的附加的软件工具有:开放阅读框寻觅器(ORF Finder),电子PCR,和序列提交工具,Sequin和BankIt。所有的NCBI数据库和软件工具可以从WWW或FTP来获得。NCBI还有E-mail服务器,提供用文本搜索或序列相似搜索访问数据库一种可选方法。

站点名称:EBI

全称:European Bioinformatics Institute

中文名称:欧洲生物信息研究所

站点地址:http://www.ebi.ac.uk/

EBI,是一个非盈利性的学术机构,是欧洲分子生物学实验室(EMBL,全称是European Molecular Biology Laboratory)的一部分。它是生物信息学研究和服务的中心。它所管理生物数据的数据库包括核酸,蛋白质序列和大分子结构。它的主要任务是建立、维护和提供生物学数据库以及信息学服务,从而支持生物学数据的存放和进一步挖掘。它的使命是保证从分子生物学和基因组研究的日益增长的信息向公众公开,并且对科学研究团体提供任何方面的免费使用,以促进科学发展。EMBL全称是欧洲分子生物学实验室,位于德国海德尔堡,是世界上著名的生命科学研究机构。

目前EBI还加入了rss订阅功能,有利于让用户获取网站内容的最新更新。网络用户可以在客户端借助于支持RSS的聚合工具软件,在不打开网站内容页面的情况下阅读网站最近更新的内容。

  CLUSTALW是一种渐进的多序列比对方法,先将多个序列两两比对构建距离矩阵,反应序列之间两两关系;然后根据距离矩阵计算产生系统进化指导树,对关系密切的序列进行加权;然后从最紧密的两条序列开始,逐步引入临近的序列并不断重新构建比对,直到所有序列都被加入为止。

  数据库浏览器和登陆检索工具:EBI发展了多种工具用于浏览和检索生物学相关序列和文献。其中SRS(序列检索系统)是最为强大的浏览/检索工具。SRS为用户提供了快速、便捷和友好的界面以搜索超过400个局域和公众数据库中大量不同种类的生命科学类数据。

  EMBL核酸序列数据库也被称作EMBL银行,是欧洲最重要的核酸序列资源,其DNA和RNA的主要信息来源于单独的研究者、基因组测序计划和应用专利等。该数据库与美国NCBI的GenBank和日本的DNA数据库(DDBJ)有着国际性的合作,这三大数据库各自收录了世界上所报道的所有序列数据的一部分,并且每天三大数据库之间会交换数据以实时更新各自的序列信息。

用户可以通过输入序列号来获得EMBL记录。

站点名称:DDBJ

全称:DNA Data Bank of Japan

中文名称:日本核酸数据库

站点地址: http://www.ddbj.nig.ac.jp/searches-e.html/

一开始,DDBJ就作为国际性DNA数据库之一,发挥着重要的作用。它首先反映的是日本国内数据库的资源,并与NCBI,EBI进行频繁的国际性合作。DNA序列中蕴含了大量的数据资源,比起其它生物学数据,它在阐述进化方面的作用更为直接。因此,探求DNA数据库,不仅是在生命科学方面的研究,更是为人类的发展谋福利。
DDBJ是日本唯一的DNA数据库,它从研究者那里收集DNA 序列并且给数据提交者一个国际公认的编码。DDBJ 主要从日本研究者那里收集数据,当然,它也接受外国研究者的数据并给以编码。数据库通过WWW环球网,匿名FTP,e-mail或Gopher方式为广大研究人员服务。



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