BlastN、MegaBlast和Discontiguous MegaBlast三者的比较区分

它们共同之处就是 BlastN/Megablast/Discontiguous megablast 都是BlastN,就是核酸序列比对核酸序列的算法。

BlastN:应该是出现较早的算法。比对的速度慢,但允许更短序列的比对(如短到7个碱基的序列)。

MEGABLAST:主要用来鉴定一段新的核酸序列,它并不注重比对各个碱基的不同和序列片断的同源性,而只注重被比对序列是否是数据库未收录的,是否为新的提交序列或基因。 速度快。同一物种间的。

Discontiguous MEGABLAST:灵敏度(sensitivity)更高,用于更精确的比对。主要用于跨物种之间的同源比对。

1、MEGABLAST 常被用于鉴定核酸序列

MEGABLAST is the tool of choice to identify a nucleotide sequence.

MegaBLAST也是一种BLASTN程序,不过它主要是用来在非常相似的序列之间(来自同一物种)比对同源性的。

鉴定某一段核酸序列是否存在于数据库,最好的方法是选择MEGABLAST。如果比对到的序列在数据库中注释完整的话,那该序列丰富的注释可以当作 新序列的参考。当然,BlastN/MEGABLAST/Discontiguous MEGABLAST,都可以完成这种事情。但MEGABLAST就是特别设计用于非常相似序列之间的比对,可用于寻找查询序列的最佳匹配的序列。

2、Discontiguous MEGABLAST 更好地用于查找不同物种的相似的核酸序列,而不是与查询序列相同(identical)物种的。

Discontiguous MEGABLAST is better at finding nucleotide sequences similar, but not identical, to your nucleotide query.

Discontiguous MEGABLAST,用于跨物种核酸序列快速比对。它使用非重叠群字段匹配算法(noncontiguous word match)来进行核酸比对。Discontiguous MegaBLAST比blastx等翻译后比对要快得多,同时它在比较编码区时也具有相当高的敏感度。

但是需要指出的是,核酸与核酸之间的比对并不是发现同源蛋白编码区域的最佳方法,直接在蛋白水平用Blastp比对更好。这是因为密码子的简并性。(Lc.注:翻译得有些拗口,多多见谅!)

Discontiguous MEGABLAST详细介绍:www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/discontiguous.html



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