核酸和蛋白质序列分析方法汇总

    在获得一个基因序列后,需要对其进行生物信息学分析,从中尽量发掘信息,从而指导进一步的实验研究。通过染色体定位分析、内含子/外显 子分析、ORF分析、表达谱分析等,能够阐明基因的基本信息。通过启动子预测、CpG岛分析和转录因子分析等,识别调控区的顺式作用元件,可以为基因的调 控研究提供基础。通过蛋白质基本性质分析,疏水性分析,跨膜区预测,信号肽预测,亚细胞定位预测,抗原...
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    蛋白跨膜区预测方法在线资源汇总

    Computer-assisted analysis of viroporin 2B sequence. The prediction of TM helices was done using up to 10 of the most common methods available on the Internet: DAS (14) (http://www.sbc.su.se/∼miklos/DAS), PHDhtm (47) (http://www.predictprotein.org/), MEMSAT3 (28) (http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/), MEMSAT-SVM (43) (http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/), SOS...
    作者:木木 | 分类:网站教程 | 阅读:1909 点击 | 标签:,

    PCR引物设计黄金法则

    1.引物最好在模板cDNA的保守区内设计。 DNA序列的保守区是通过物种间相似序列的比较确定的。在NCBI上搜索不同物种的同一基因,通过序列分析软件(比如DNAman)比对(Alignment),各基因相同的序列就是该基因的保守区。 2.引物长度一般在15~30碱基之间。 引物长度(primer length)常用的是18-27 bp,但不应大于38,因为过长会导致其延伸温度大于74℃,不适于Taq DNA 聚合酶进行反应。 3.引...
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    引物设计重点因素及设计技巧

    想把引物合成的比较好,除了前引物和后引物的Tm不能相差太大,我们还要重点考虑以下因素: 一、GC含量 引物的GC含量一般为40-60%,以45-55%为宜,过高或过低都不利于引发反应。有一些模板本身的GC含量偏低或偏高,导致引物的GC含量不能在上述范围内,这时应尽量使上下游引物的GC 含量以及Tm 值保持接近(上下游引物的GC含量不能相差太大),以有利于退火温度的选择。如果G-C比例超出,则在...
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    NCBI在线Blast的图文说明

    Blast(Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。 BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。 Blast中常用的程序介绍: 1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列...
    作者:木木 | 分类:网站教程 | 阅读:1824 点击 | 标签: