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通过分析已知的通过实验确定的蛋白上的抗原位置的信息显示,如果疏水氨基酸如Cys, Leu和 Val如果是暴露在蛋白质的表面则很有可能是抗原位置的一部分。 Kolaskar与Tongaonkar开发了一个半经验的模块来预言蛋白的抗原决定部位,其中使用了物理化学方法对氨基酸残基分析并且归纳了已知的试验得到的抗原决定簇的数据。应用该模块预测大量的蛋白质的结果表明他能够达到75%的精确性,优于所有的已知的其它软件,该模块基于唯一的一个参数因此非常简单好用。